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Biologia e genetica

Genetica

Autori
Fantoni - Tripodi

35,00 €

  • publish date marzo 2009
  • ISBN 978-88-299-1990-1
  • Code Piccin 0601902
  • Pages 520

Vol II

Libro con contenuti speciali

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Cari lettori e studenti, un testo adatto ad un corso universitario dovrebbe rendere evidente quale sia il suo contributo alla formazione intellettuale e professionale di giovani adulti, cioè come sia in grado di fare acquisire loro nuovi strumenti di ragionamento e nuove capacità di impostare e risolvere problemi. Siamo sicuri che questo testo abbia raggiunto questo obiettivo e che il modo migliore per presentarlo sia tentare di spiegare cosa della genetica affascina noi docenti, cosa ci spinge a continui studi ed approfondimenti per illustrarla nei nostri corsi e perché riteniamo il suo insegnamento fondamentale per la formazione di ricercatori e medici moderni ed utili alla società.

Il motivo di fondo è l’intrigante struttura logico-deduttiva della genetica: se i suoi fenomeni potessero essere rappresentati da punti e le connessioni logiche da linee, la genetica non sarebbe né un insieme di punti singoli (pura conoscenza di importanti fenomeni vitali) né una linea continua (serie sequenziale di informazioni più o meno approfondite ed aggiornate). La genetica attrae il nostro interesse perché ci appare come una rete neurale, dove le connessioni logiche fra contenuti rendono quegli stessi contenuti continuamente cambianti e ricchi di nuove implicazioni e significati, ognuno capace di stimolare nuove curiosità e nuove interazioni.

Il primo ed importante merito culturale della genetica consiste nell’aver generato ed approfondito la conoscenza del fenomeno evolutivo e di averne dimostrato scientificamente la piena validità. L’evoluzione non è un’ipotesi, né una teoria, come i suoi detrattori ideologici insistono ad affermare senza alcuna prova, ma la cornice di riferimento di tutti i fenomeni vitali, dai molto semplici e piccoli, come i virus, agli organismi superiori e complessi, come l’uomo. L’evoluzione ci racconta la storia della vita sulla terra dal suo inizio, più di tre miliardi di anni or sono, nella sua lenta diversificazione nel corso di milioni di anni, fino a ieri, 30.000 anni fa, quando la specie umana ha dato inizio ad un suo particolare processo biologico, l’evoluzione culturale, che si è diffuso nei cinque continenti. Ogni qual volta uno studioso cerca di capire il perché di strutture e funzioni molecolari, cellulari e dell’intero organismo, trova sempre valide spiegazioni nella logica evolutiva. Questo è anche il primo e più importante contributo dato dalla genetica alla formazione della cultura collettiva moderna ed in particolare a quella di chi sta impegnandosi per diventare biologo o medico.

In secondo luogo la genetica serve concretamente alle scienze biologiche e mediche perché permette ai ricercatori di progettare esperimenti solidamente fondati sulla procedura scientifica della prova e dell’errore. Molto semplicemente, l’identificazione di “mutanti” per la struttura o la funzione oggetto della ricerca mette a disposizione organismi incapaci di esercitare la funzione “normale”, cioè preziosi strumenti per un solido confronto fra situazioni biologiche opposte e da ciò trarne conclusioni ragionate. Mentre fino a 20 anni fa gli organismi mutanti dovevano essere trovati fra quelli già presenti nello spettro di variabilità esistente in natura, e quindi potevano non essere completamente adatti allo scopo dell’esperimento, oggi, mediante procedure di biotecnologia, si progettano e si costruiscono in laboratorio organismi mutanti perfettamente adatti a servire da controlli negativi. La genetica molecolare ha permesso lo sviluppo di strumenti indispensabili alla conduzione di esperimenti innovativi e competitivi sia nel campo della biologia di base che in quello della ricerca bio-medica e bio-industriale. La conoscenza della genetica quindi è un presupposto fondante della preparazione di un ricercatore moderno.

Per le caratteristiche che le sono proprie, la genetica è anche un terreno su cui basare la formazione del ragionamento clinico, tipico della pratica medica. Le scuole di medicina non dovrebbero produrre iper-specialisti che abbiano accumulato nella loro memoria solo infiniti stereotipi patologici e terapeutici, ma piuttosto medici di base in grado di utilizzare parametri razionali per lo studio del paziente come soggetto unico ed irripetibile. Come la genetica porta a pensare alla diversità biologica come interazione complessa e spesso imprevedibile fra geni ed ambiente, così la medicina dovrebbe riconoscere nel paziente una tipicità unica da inserire nelle infinite integrazioni e gradazioni delle possibilità diagnostiche e terapeutiche. La genetica d’altronde parte dalla complessità e dalle diversità per giungere a modelli sperimentali semplici ed esemplari delle situazioni biologiche sotto studio, in grado di contribuire concretamente all’avanzamento delle conoscenze scientifiche. Allo stesso modo un ragionamento clinico corretto porta ad utilizzare le nuove conoscenze biomediche per risolvere la complessità del paziente ed arrivare efficacemente ad una scelta, la migliore fra quelle possibili, comunque adatta a rispondere ai più diversi bisogni di salute.

La metodologia di apprendimento che vi proponiamo è la stessa del volume di Biologia Cellulare. Per quanto detto nel primo paragrafo, i capitoli sono tutti fra loro interconnessi, basati sui precedenti e preparatori ai successivi. Abbiamo realizzato ognuno dei capitoli come una guida articolata che porta il lettore dalla curiosità per i fenomeni ereditari di esperienza comune all’apprendimento dei processi più complessi. Nell’affrontare ogni nuovo argomento, vi suggeriamo di chiedervi quali conoscenze abbiate già (vi stupirete nello scoprire quante sono) e quali curiosità e dubbi vi restino, per farvi guidare da questi alla conoscenza di processi genetici articolati ed integrati nel quadro di logiche scientifiche semplici. Vi proponiamo anche di concludere il modulo di apprendimento con una auto-valutazione delle vostre nuove capacità di inquadrare fenomeni e di risolvere problemi genetici. Vi forniamo infine un breve elenco di siti web da cui partire, spinti dalla vostra curiosità e della vostra inventiva, per esplorare nuove conoscenze, approfondire ancora i temi che avete incontrato e quindi per svolgere ricerche in cui vi sentiate protagonisti perché avete saldamente acquisito, anche grazie a questo libro, gli strumenti di conoscenza e di interpretazione della genetica.

Ancora una volta, buon lavoro!

Antonio Fantoni
Marco Tripodi

Modulo 1 Oggetti e strumenti
della genetica
22 Oggetti e strumenti della genetica
605
Franca Citarella
22.1 Strumenti cellulari e molecolari
dell’eredità: il DNA
606
22.1.1 Il segreto della vita
606
22.1.2 Da Mendel al DNA
607
22.1.3 Molecola del DNA: la struttura
suggerisce la funzione
609
22.1.4 I nucleotidi, struttura portante
e linguaggio dell’informazione genetica
610
22.1.5 Il DNA è una molecola semplice,
ma contiene molta informazione
612
22.1.6 L’importanza della doppia elica
612
22.1.7 La replicazione del DNA
613
* BOX 22.1 Esperimento di Meselson e Stahl
615
22.1.8 Errori nella replicazione del DNA:
le mutazioni
617
22.2 Flusso dell’informazione genetica
nella cellula
618
22.2.1 Parole della genetica: fenotipo, geni,
caratteri ereditari, genoma e genotipo
618
22.2.2 Fenotipo a livello molecolare:
struttura e funzione delle proteine
619
22.2.3 Il fenotipo non dipende soltanto
dal genotipo
620
* BOX 22.2 Garrod: un gene, un enzima
621
22.2.4 Processo di espressione del gene
623
22.2.5 La trascrizione: da DNA a RNA
624
22.2.6 Il codice genetico
625
22.2.7 La traduzione dell’RNA messaggero
e la sintesi delle proteine
626
22.2.8 La produzione di proteine è un processo
finemente regolato
629
22.3 Organizzazione cellulare dell’informazione
genetica
629
22.3.1 Geni
629
22.3.2 Genoma
631
22.3.3 Cromosomi
632
22.3.4 Cariotipo
634
* BOX 22.3 La cromatina
635
22.4 L’evoluzione come paradigma
dei comportamenti genetici
638
22.4.1 Darwin: la selezione naturale
guida l’evoluzione
638
22.4.2 Le mutazioni preesistono
alle modificazioni ambientali
639
22.4.3 L’evoluzione è provata da risultati
sperimentali
640
* BOX 22.4 Intolleranza ereditaria al lattosio
641
Domande di autovalutazione
642
Modulo 2 Eredità negli eucarioti
Problemi e logiche della genetica:
variabilità, sessualità e diploidia
643
Antonio Fantoni
23.1 Ragioniamo sui comportamenti genetici
645
23.2 Replicazione di molecole di acidi nucleici
nell’evoluzione pre-biotica e nei virus
645
23.3 Strategie riproduttive delle cellule
646
23.3.1 Riproduzione di organismi aploidi:
un unico genitore, assenza di sessualità,
un unico progetto genetico, fenotipo univoco
648
23.3.2 Riproduzione di organismi diploidi:
due genitori diversi, sessualità, due progetti
genetici, fenotipo complesso
649
23.4 Vantaggi della diploidia
649
23.4.1 Due progetti biologici completi
e diversi
649
* BOX 23.1 Genetica umana su internet
650
23.4.2 Grande variabilità genetica della prole
650
23.5 Caratteristiche e problemi della diploidia
651
23.5.1 Come mantenere costante la quantità
di informazione genetica?
651
23.5.2 Come mantenere completo il progetto
genetico da una generazione all’altra?
652
23.5.3 Come rendere sempre diversa la qualità
dell’informazione genetica?
652
23.6 La risposta è nella formazione dei gameti
653
23.6.1 Geni, loci, alleli, cromosomi omologhi,
genotipo e meiosi
653
23.6.2 Meiosi, sessualità e numeri
della variabilità genetica
655
23.7 Quale fenotipo negli organismi diploidi?
657
23.7.1 Quale fenotipo viene espresso
da genotipi eterozigoti?
657
23.7.2 Quale fenotipo viene espresso
dai due alleli da genotipi omozigoti?
658
23.7.3 Quale fenotipo viene espresso
da genotipi emizigoti nel caso di loci
presenti sul cromosoma X?
659
23.7.4 Quale fenotipo si ottiene da mutazioni
che producono alleli dominanti?
659
23.8 Per concludere l’argomento
660
Domande di autovalutazione
661
Esempi di eredità e di espressione
fenotipica nell’uomo
663
Monica Mottes
24.1 Gruppo sanguigno ABO
665
* BOX 24.1 La semplice e grande scoperta
di Karl Landsteiner
666
24.2 Falcemia: un esempio di eredità di geni
presenti su un autosoma
666
* BOX 24.2 Individuazione di portatori
di falcemia
668
24.3 Daltonismo: un esempio di eredità
di geni presenti sul cromosoma X
668
* BOX 24.3 Il difetto della visione dei colori
di John Dalton
669
24.4 Favismo: un secondo esempio
di eredità legata all’X
669
* BOX 24.4 Deficit di G6PD e malaria
670
24.5 Conclusioni
670
Letture suggerite
671
Domande di autovalutazione
671
La meiosi: processo fondamentale
della sessualità
673
Emilia Turco
25.1 La meiosi
674
25.1.1 Perché la meiosi?
674
25.1.2 Una visione d’insieme del comportamento
dei cromosomi nella meiosi
675
25.1.3 Meiosi I
675
25.1.3.1 Profase I
675
25.1.3.2 Metafase I
676
25.1.3.3 Anafase I
678
25.1.3.4 Telofase I
678
25.1.4 Meiosi II
679
25.1.5 E dopo la meiosi?
680
25.2 Neurospora, il miglior sistema sperimentale
per studiare la meiosi
680
* BOX 25.1 Il ciclo replicativo
della Neurospora
681
Domande di autovalutazione
684
L’ eredità dei caratteri monofattoriali
e gli esperimenti di Mendel
685
Emilia Turco
26.1 I caratteri monofattoriali negli organismi
diploidi
686
26.1.1 Il comportamento delle coppie
di cromosomi omologhi alla meiosi I
è alla base della legge della segregazione
686
* BOX 26.1 Qualche nozione di teoria
delle probabilità
687
26.1.2 Analisi del genotipo e della meiosi:
il test cross
690
26.1.2.1 Dal fenotipo al genotipo
690
* BOX 26.2 Il test cross e l’analisi molecolare
690
26.1.3 L’assortimento indipendente e le diverse
coppie di cromosomi omologhi
691
* BOX 26.3 La legge mendeliana dell’assortimento
non si applica a qualsiasi coppia di geni
692
26.2 Gli esperimenti di Mendel: un modello
geniale per capire le leggi della genetica
695
* BOX 26.4 Il comportamento dei cromosomi
alla meiosi
695
* BOX 26.5 Perché la pianta del pisello?
696
26.2.1 La legge della segregazione
696
26.2.1.1 La generazione F1
696
26.2.1.2 La generazione F2 e il rapporto
fenotipico 3:1
697
26.2.1.3 L’analisi della generazione F2
698
26.2.1.4 L’ipotesi mendeliana
della segregazione
698
26.2.1.5 La spiegazione del rapporto 3:1
in base all’ipotesi della segregazione
698
26.2.2 L’assortimento indipendente
700
26.2.2.1 La generazione F1
700
* BOX 26.6 La legge mendeliana della segregazione
700
26.2.2.2 I fenotipi della generazione F2
e il rapporto 9:3:3:1
701
26.2.2.3 I genotipi della generazione F2
701
* BOX 26.7 Il quadrato di Punnet
702
26.2.2.4 E quando i caratteri presi
in considerazione sono più di due?
703
Domande di autovalutazione
704
27 Crossing-over e ricombinazione
705
Marco Emilio Bianchi, Lisa Trisciuoglio
27.1 Eredità di loci presenti sullo stesso
cromosoma (associati)
706
27.2 Frequenza di crossing-over
e di ricombinazione
709
27.3 Mappe genetiche e unità di Morgan
710
27.4 Marcatori di loci e di cromosomi
711
27.5 Meccanismo molecolare
della ricombinazione
712
Domande di autovalutazione
717
28 Eredità di caratteri poligenici
719
Gian Antonio Danieli
28.1 Effetti fenotipici dell’interazione genica
720
28.2 Eredità poligenica
721
28.3 Epistasi
721
28.4 Penetranza ed espressività
722
28.5 Eredità dei caratteri quantitativi
723
Letture suggerite
727
Domande di autovalutazione
727
29 Il destino degli alleli nelle popolazioni
729
Gian Antonio Danieli
29.1 Pool genico e frequenza allelica
di una popolazione
730
29.2 Popolazioni in equilibrio mendeliano
o di Hardy-Weinberg
730
29.3 Popolazione mendeliana panmittica
731
29.4 Come calcolare le frequenze alleliche
dall’osservazione delle frequenze fenotipiche
732
29.5 Come ricavare in una popolazione umana
la frequenza di famiglie a rischio
di avere figli mutati
732
* BOX 29.1 Verifica statistica dell’equilibrio
mendeliano secondo Hardy e Weinberg
733
29.6 Fattori di disturbo dell’equilibrio
di Hardy e Weinberg
733
29.6.1 Mutazione
733
29.6.2 Selezione riproduttiva
734
29.6.3 Deriva genetica
735
* BOX 29.2 Calcolo della frequenza
di equilibrio per alleli dominanti e recessivi
in rapporto al loro tasso di mutazione
e di fitness
736
* BOX 29.3 Distanza genetica fra popolazioni
738
29.6.4 Flusso genico e migrazioni
738
29.7 Variabilità genetica ed evoluzione
739
Letture suggerite
739
Domande di autovalutazione
740
Modulo 3 Sessualità virale e batterica
30 Genetica virale e rapporto virus-ospite
741
Marina Colombi
30.1 Marcatori della genetica virale: specificità
di infezione, ciclo litico e permissività
742
30.1.1 Morfologia di placca
743
30.1.2 Specificità di infezione
745
30.2 Ricombinazione nei virus
745
30.3 Esperimenti di Benzer
747
30.3.1 Test cis-trans e complementazione
748
30.4 Integrazione del genoma virale nel genoma
dell’ospite
750
30.5 Virus nell’uomo: virus influenzale,
virus oncogeni, HIV
751
30.5.1 Il virus dell’influenza A
753
30.5.1.1 Struttura del virus dell’influenza A
753
30.5.1.2 Ciclo vitale del virus dell’influenza A
755
30.5.1.3 Assortimento genetico del virus
dell’influenza A
756
30.5.2 Virus oncogeni
757
30.5.2.1 Virus oncogeni a RNA: Retrovirus
757
30.5.2.2 Virus oncogeni a DNA
760
30.5.3 HIV: il virus dell’immunodeficienza
umana
763
30.5.3.1 Struttura dell’HIV-1
763
* BOX 30.1 La sindrome da immunodeficienza
acquisita, AIDS
765
30.5.3.2 Ciclo vitale dell’HIV
767
30.5.3.3 Variabilità genetica dell’HIV
768
30.6 Conclusioni
769
Letture suggerite
769
Domande di autovalutazione
769
Genetica batterica e meccanismi
parasessuali
771
Marina Colombi
31.1 Strumenti e marcatori della genetica batterica
773
31.1.1 Autotrofismo ed eterotrofismo:
coltivazione dei batteri
773
31.1.2 Mutanti batterici e sistemi selettivi
774
* BOX 31.1 Replica plating
775
31.1.3 Genoma batterico e cromosomi accessori
775
31.1.4 Elementi genetici mobili trasponibili
o trasposoni
777
31.1.4.1 Sequenze di inserzione IS
777
31.1.4.2 Trasposoni composti (Tn)
779
31.1.4.3 Trasposoni di tipo Tn3
779
31.1.4.4 Rilevanza dei trasposoni batterici
in Medicina
780
31.2 Ricombinazione nei batteri
780
31.2.1 Trasformazione batterica ed esperimenti
di Griffith, Avery, MacLeod e McCarty
781
31.2.2 Coniugazione in ceppi F+ e HFR
783
31.2.2.1 Trasferimento di geni durante
la coniugazione: esperimento
di accoppiamento interrotto
786
31.2.3 Trasduzione generalizzata
e specializzata
786
31.2.4 Mappe genetiche in batteri:
co-trasformazione, co-trasduzione,
mappe a tempo in ceppi Hfr
790
31.3 Meccanismo molecolare
della ricombinazione
792
31.3.1 Ricombinazione omologa
792
31.3.2 Ricombinazione sito-specifica
792
* BOX 31.2 Modello di Holliday
793
31.4 Conclusioni
795
Letture suggerite
795
Domande di autovalutazione
796
Modulo 4 Analisi molecolare
del genoma
32 Gli strumenti dell’ingegneria genetica
797
Laura Amicone
32.1 Risolvere la complessità del DNA significa
facilitare la sua manipolazione e il suo studio.
Mediante gli enzimi di restrizione viene risolta
la complessità del DNA
798
32.1.1 Le endonucleasi di restrizione tagliano
il DNA in siti specifici
798
32.1.2 La digestione del DNA con un enzima
di restrizione genera frammenti
di restrizione
799
32.1.3 I frammenti di restrizione possono
essere separati mediante elettroforesi
800
32.1.4 Le mappe di restrizione
800
32.2 Il “Southern Blotting” permette di identificare,
in una miscela di frammenti di restrizione,
specifiche sequenze di DNA
801
32.2.1 La tecnologia Southern
801
32.2.2 Identificazione di sequenze di acidi
nuleici mediante le sonde molecolari
802
32.2.3 Applicazioni del Southern Blotting
803
32.3 Il DNA può essere isolato e clonato
in sistemi cellulari ed in vitro
804
32.3.1 Una sequenza di DNA può essere
clonata in vitro
804
32.3.1.1 Tecnologia della PCR
804
32.3.1.2 Utilizzo della PCR per la diagnosi
di malattie infettive virali e batteriche
807
32.3.1.3 Utilizzo della PCR per la diagnosi
di malattie genetiche
807
32.3.1.4 Utilizzo della PCR per lo studio
dell’espressione genica (RT-PCR)
807
32.3.1.5 Utilizzo della PCR nelle scienze
forensi
808
32.3.1.6 Altre applicazioni della PCR
808
32.3.2 Clonazione di DNA in cellule
808
32.3.2.1 Isolamento di frammenti di DNA
mediante inserimento in vettori plasmidici
808
32.3.2.2 Trasformazione batterica con vettori
ricombinanti
810
32.3.2.3 Selezione dei batteri trasformati
da plasmidi ricombinanti
811
32.3.2.4 Isolamento di cloni ricombinanti
e analisi del DNA ricombinante
811
32.3.2.5 Altri vettori di clonazione
812
32.4 Il DNA isolato e amplificato può essere
classificato e conservato
812
32.4.1 Biblioteche o banche o genoteche
genomiche
813
32.4.2 Biblioteche o banche o genoteche di cDNA
813
Domande di autovalutazione
814
33 Analisi del genoma umano
815
Pierluigi Strippoli
Introduzione
816
Concetto di mappa
819
33.1 La mappa dei cromosomi umani
821
33.1.1 Mappe fisiche a bassa risoluzione
821
33.1.1.1 Mappe citogenetiche
822
33.1.1.2 FISH (Fluorescent In Situ
Hybridization)
822
33.1.1.3 Mappe da ibridi da radiazione
823
33.1.2 Mappe fisiche ad alta risoluzione
825
33.1.2.1 Mappe di restrizione a lungo raggio
825
33.1.2.2 Sequence Tagged Sites
STS
825
33.1.2.3 Clonaggio nei vettori YAC e BAC
826
33.1.2.4 Mappe di cloni contigui
830
33.1.2.5 Il problema del clonaggio
e del sequenziamento del DNA ripetitivo
832
33.1.2.6 Sequenza nucleotidica
832
* BOX 33.1 Il “Progetto Genoma Umano”
833
33.1.3 Mappe di trascrizione
836
33.1.3.1 Metodi tradizionali
per l’identificazione di sequenze trascritte
836
33.1.3.2 Sequenze parziali di RNA (EST)
837
33.1.3.3 Analisi bioinformatica: ricerca
di similarità e predizione ab initio
839
33.1.4 Mappe integrate
841
33.2 Il genoma umano
841
33.2.1 Organizzazione generale del genoma
umano
841
33.2.2 Molecole di DNA nucleare umano
843
33.2.3 Variabilità del genoma umano
846
33.2.3.1 Numero variabile di ripetizioni
in serie
847
33.2.3.2 Single nucleotide
polymorphism (SNP)
847
* BOX 33.2 Il progetto HapMap
848
* BOX 33.3 Gli organismi modello
848
33.2.3.3 Varianti submicroscopiche
della struttura del cromosoma
849
33.2.4 Geni umani
849
33.2.4.1 Classi e numero dei geni umani
849
* BOX 33.4 È possibile conoscere
con certezza la sequenza genomica completa
di una cellula vivente?
850
33.2.4.2 Struttura generale dei geni umani
codificanti per proteine
858
* BOX 33.5 Alternative al modello standard
dell’espressione genica
861
* BOX 33.6 Alernative al modello standard
della sintesi proteica
862
33.2.4.3 Funzioni dei geni umani codificanti
per proteine
862
* BOX 33.7 Il gene nell’era post-genomica
862
* BOX 33.8 Il codice genetico
nell’era post-genomica
863
33.2.4.4 Distribuzione dei geni umani
863
33.2.4.5 Il profilo di espressione globale
dei geni del genoma umano
864
* BOX 33.9 La tecnica dei microarray
865
33.2.4.6 Famiglie di sequenze
866
* BOX 33.10 La proteomica
866
* BOX 33.11 La “trascrizione illegittima”
867
33.2.4.7 Famiglie geniche
867
33.2.4.8 Distribuzione dei membri
delle famiglie geniche
870
33.2.4.9 Pseudogeni
870
33.2.5 Famiglie di sequenze di DNA non genico
875
33.2.5.1 Sequenze di DNA ripetute in tandem
875
33.2.5.2 Sequenze di DNA ripetute disperse
878
33.2.5.3 Sequenze non geniche conservate
883
33.2.6 Esempi di cromosomi umani:
il cromosoma 21 e il cromosoma X
883
33.3 Genoma mitocondriale
887
33.3.1 Struttura generale del genoma
mitocondriale
887
33.3.2 Geni mitocondriali
890
33.3.2.1 Struttura dei geni localizzati
sull’mtDNA
890
33.3.2.2 Trascrizione e traduzione
dei geni localizzati sull’mtDNA
891
33.3.2.3 Mutazioni dei geni dell’mtDNA
891
33.3.3 Applicazioni in biologia e medicina
dello studio dell’mtDNA
891
Letture suggerite
892
Domande di autovalutazione
897
Modulo 5 Variabilità genetica
e mutazioni
34 Necessità e casualità delle mutazioni
899
Silvia Anna Ciafré
34.1 Importanza biologica delle mutazioni
901
34.1.1 Mutazioni a Chernobyl
901
34.1.2 Esistono tipi diversi di mutazioni
903
34.1.3 Il caso e la necessità: le mutazioni
nell’evoluzione
905
34.2 Situazioni cellulari come causa
di mutazioni spontanee
905
34.2.1 Errori di replicazione
905
* BOX 34.1 Il test di fluttuazione di Luria
e Delbruck dimostra che le mutazioni insorgono
casualmente, senza alcun riferimento al vantaggio
ambientale che possono determinare
906
34.2.2 Modificazioni chimiche causa
di mutazioni spontanee
907
34.2.3 Tasso di mutazione e frequenza
di mutazione
910
34.3 Situazioni ambientali e mediche
che inducono mutazioni
910
34.3.1 Azione dei mutageni chimici
911
34.3.2 Azione di mutageni fisici
914
* BOX 34.2 Le radiazioni ionizzanti
e le loro applicazioni in medicina
915
34.3.3 Test di mutagenicità
916
* BOX 34.3 L’abbronzatura se ne va
ma i suoi effetti rimangono
917
* BOX 34.4 L’operone
919
34.4 Riparazione del DNA
919
34.4.1 Meccanismi di riparazione del DNA
920
34.4.1.1 Reversione diretta del danno
920
34.4.1.2 Riparazione per escissione
922
* BOX 34.5 I linfociti T
927
34.4.1.3 Riparazione da ricombinazione
omologa
928
Domande di autovalutazione
932
35 Conseguenze delle mutazioni
933
Silvia Anna Ciafré, Maria Giulia Farace
35.1 Mutazioni somatiche e mosaicismo
935
35.1.1 Effetti ereditari e non ereditari
delle mutazioni
935
35.1.2 Mutazioni somatiche e tumori
935
35.1.3 Mosaicismo
936
35.1.4 Conseguenze delle mutazioni somatiche
e del mosaicismo
936
35.1.4.1 Mosaicismo cromosomico
938
35.1.4.2 Patologie umane causate
da mosaicismo
939
35.1.4.3 Epigenetica e mosaicismo
940
35.1.4.4 Inattivazione del cromosoma X
940
35.2 Conseguenze delle mutazioni geniche
puntiformi con “frameshift”
941
35.3 Conseguenze delle mutazioni geniche
puntiformi da sostituzione nucleotidica
944
35.3.1 Mutazioni che colpiscono regioni
codificanti del gene
944
35.3.2 Mutazioni che colpiscono regioni
non codificanti del gene
946
35.4 Conseguenze di crossing-over ineguale,
delezioni e duplicazioni geniche
946
35.4.1 Crossing-over ineguale
947
35.4.2 Duplicazioni geniche per trasposizione
950
35.5 Effetto meiotico e fenotipico
delle mutazioni cromosomiche e genomiche
950
35.5.1 Mutazioni cromosomiche strutturali
951
35.5.2 Mutazioni cromosomiche di numero
o genomiche
958
35.5.3 Aneuploidie nell’uomo: sindrome di Down
960
35.5.4 Aneuploidie dei cromosomi sessuali
964
35.5.5 Analisi citogenetica di mutazioni
da anomalie di numero e di struttura
dei cromosomi
967
* BOX 35.1 Aptene
970
35.6 Conclusioni
971
Domande di autovalutazione
973
Modulo 6 Analisi molecolare
di loci umani
Alleli mutati responsabili
di patologie ereditarie
975
Monica Mottes
36.1 Mutazioni autosomiche recessive
977
36.1.1 Talassemia
977
36.1.1.1 Mutazioni da delezione
977
36.1.1.2 Mutazioni con effetto
sulla trascrizione del mRNA
977
36.1.1.3 Mutazioni con effetto
sulla traduzione del mRNA
979
* BOX 36.1 Talassemia a
979
* BOX 36.2 Un’eccezione alla regola:
forme dominanti di b talassemia
979
36.1.2 Anemia falciforme (MIM 603903)
979
36.2 Mutazioni autosomiche dominanti
980
* BOX 36.3 Diagnosi molecolare di HbS
980
36.2.1 Nanismo acondroplasico o acondroplasia
981
36.3 Mutazioni X-linked recessive
983
36.3.1 Emofilia
983
36.3.1.1 Emofilia A (MIM 306700)
983
36.3.1.2 Emofilia B (“Christmas disease”,
MIM 306900)
984
36.3.2 Distrofia muscolare di Duchenne
(DMD, MIM 310200)
984
* BOX 36.4 Emofilia nella nobiltà europea
985
* BOX 36.5 Mappaggio del gene distrofina
986
36.3.3 Deficit di glucoso-6-fosfato
deidrogenasi (G6PD; MIM 305900)
988
36.4 Condensazione dell’X e dosaggio genico
988
36.4.1 Variabilità fenotipica in eterozigosi
per mutazioni legate all’X
990
* BOX 36.6 Dimostrazione biochimica
dell’ipotesi di Mary Lyon
991
36.5 Unità di complementazione nell’uomo:
albinismo e sordità
992
36.5.1 Albinismo
992
36.5.2 Sordità
993
* BOX 36.7 Genetica della sordità
994
36.6 Amplificazione di triplette
e anticipazione
994
36.6.1 Sindrome dell’X fragile, MIM 309550
996
36.6.2 Malattia di Hungtinton, MIM 143100
997
36.7 Mutazioni a carico di geni dello sviluppo
Craniosinostosi
998
36.8 Conclusioni
1000
Letture suggerite
1000
Domande di autovalutazione
1001
Ereditabilità di tumori e mutazioni
somatiche
1003
Laura Amicone
37.1 Il tumore è una malattia genetica
1004
37.2 Il tumore è un processo multistep
1005
* BOX 37.1 Tumore e penetranza
1006
* BOX 37.2 Le basi molecolari del tumore
del colon retto
1006
37.3 Mutazioni recessive degli oncosoppressori
e perdita dell’eterozigosità
1007
37.3.1 Oncosoppressore Rb
1008
37.3.2 Oncosoppressori BRCA1 e BRCA2
1009
37.3.3 Oncosoppressore p53
1010
37.3.4 Oncosoppressore WT1
1011
37.4 Geni mutatori
1011
37.5 Mutazioni dominanti dei proto-oncogeni
1012
37.5.1 Mutazioni puntiformi
1013
37.5.2 Amplificazione genica
1013
* BOX 37.3 Oncogene Ras
1013
* BOX 37.4 Oncogene Myc
1014
37.5.3 Riarrangiamenti cromosomici
1014
Domande di autovalutazione
1015
38 Sistemi genetici complessi
1017
Claudia Giachino
38.1 Sistema genetico delle immunoglobuline:
ricombinazioni e riarrangiamenti somatici
1019
38.1.1 La diversificazione somatica crea
una risposta immune efficace e dinamica
1019
38.1.2 La genetica della sintesi delle catene
immunoglobuliniche
1019
38.1.2.1 Struttura delle immunoglobuline
1020
38.1.2.2 Variabilità delle immunoglobuline
(isotipica, allotipica, idiotipica)
1022
38.1.2.3 La scoperta della ricombinazione
V(D)J
1023
38.1.2.4 Organizzazione multigenica e riarran-
giamento dei geni delle catene leggere
1023
38.1.2.5 Organizzazione multigenica e riarran-
giamento dei geni delle catene pesanti
1025
38.1.2.6 Meccanismi di riarrangiamento
1026
38.1.2.7 Le proteine RAG catalizzano
la reazione di ricombinazione VDJ
1028
38.1.2.8 Editing e revisione del recettore
1029
38.1.3 La regolazione dell’espressione
dei geni delle immunoglobuline
1030
38.1.4 La generazione della diversità
anticorpale
1030
38.1.4.1 Meccanismi molecolari
di diversificazione dei geni
delle immunoglobuline
1031
38.1.4.2 Mutazione somatica
1031
38.1.4.3 Scambio di classe
(switch isotipico)
1032
38.1.4.4 AID, una DNA deaminasi
che inizia la diversificazione dei geni
delle immunoglobuline
1034
38.2 Genoma e patologie mitocondriali
1035
38.2.1 La biologia del mitocondrio
1035
38.2.1.1 La struttura dei mitocondri
e la teoria endosimbiontica
1036
38.2.1.2 Funzioni dei mitocondri
1037
38.2.2 Il DNA mitocondriale
1038
38.2.2.1 Struttura del mtDNA umano
1038
38.2.2.2 Replicazione, trascrizione
e traduzione del mtDNA
1040
38.2.2.3 Ereditarietà del mtDNA:
eredità uniparentale, omoplasmia
ed eteroplasmia
1041
38.2.3 Mutazioni del mtDNA
1042
38.2.3.1 Delezioni e mutazioni puntiformi
del mtDNA
1042
38.2.3.2 Patogenesi delle mutazioni
del mtDNA
1043
38.2.3.3 Mutazioni di geni nucleari
che si riflettono sul mtDNA
1043
38.2.4 Mitocondri e malattie
1044
38.2.4.1 Genocopie e fenocopie
delle malattie mitocondriali
1044
38.2.4.2 Trasmissione delle malattie
mitocondriali
1044
38.2.4.3 Miopatie ed encefalomiopatie
mitocondriali
1045
38.2.4.4 Mitocondri e malattie
neurodegenerative
1048
Domande di autovalutazione
1050
Modulo 7 Processi evolutivi
39 Evoluzione molecolare
1051
Stefania Bortoluzzi
39.1 Evoluzione molecolare del genoma
1052
39.1.1 L’analisi comparativa delle sequenze
di macromolecole: similarità di sequenze
ed omologia
1052
39.1.2 La mutazione è il fenomeno alla base
dell’evoluzione
1053
39.1.3 L’orologio molecolare, i suoi limiti
e la teoria neutrale dell’evoluzione
molecolare
1053
39.1.4 Ricostruzione di alberi filogenetici
1055
39.1.5 L’albero del gene non coincide
con l’albero delle specie
1056
39.1.6 La filogenomica e la filogenesi
universale
1058
39.2 Evoluzione molecolare di famiglie geniche
1059
39.2.1 Le famiglie geniche
1059
39.2.2 Evoluzione di nuove copie geniche
per duplicazione e divergenza
1059
39.2.3 Evoluzione di strutture geniche
complesse per duplicazione intragenica
1060
39.2.4 La conversione genica nell’evoluzione
delle famiglie geniche
1060
* BOX 39.1 Evoluzione della superfamiglia
delle globine
1061
39.2.5 Nuove combinazioni di domini proteici
possono originarsi grazie al rimescolamento
degli esoni
1062
* BOX 39.2 Evoluzione della famiglia
delle serino-proteasi
1063
39.2.6 Il trasferimento genico orizzontale
1064
39.2.7 La poliploidizzazione può aumentare
la complessità e la versatilità dei genomi
1064
Domande di autovalutazione
1065
40 Evoluzione della specie umana
1067
Monica Mottes
40.1 Variazioni della frequenza degli alleli,
dei genotipi, dei fenotipi responsabili
di malattie ereditarie nelle popolazioni
umane
1068
40.1.1 Variazioni della frequenza
di alleli autosomici dominanti
1069
40.1.1.1 Ipercolesterolemia familiare
(FH, MIM 143890)
1069
40.1.1.2 Còrea di Huntington
(HD, MIM 143100)
1069
* BOX 40.1 Un modello nella genetica
di popolazioni: gli Ebrei Ashkenazi
1070
40.1.2 Variazioni della frequenza di alleli
autosomici recessivi
1071
40.1.2.1 L’isolamento
1071
40.1.2.2 La selezione
1072
40.1.3 Variazioni della frequenza di alleli
legati all’X
1073
40.2 Fitness riproduttiva, polimorfismo
bilanciato, vantaggio degli eterozigoti
1074
40.3 Deriva genica ed effetto fondatore,
flusso genico da migrazioni
1076
* BOX 40.2 Stima dell’afflusso di geni
in una popolazione
1079
40.4 Evoluzione recente delle popolazioni
umane
1079
40.4.1 Analisi dei genomi mitocondriali
e del cromosoma Y
1079
* BOX 40.3 La ricombinazione nelle popolazioni:
linkage disequilibrium
1080
40.4.2 La discendenza genetica degli Europei
1083
* BOX 40.4 Il DNA di Neanderthal e le origini
dell’uomo moderno
1084
Letture suggerite
1085
Domande di autovalutazione
1086
Modulo 8 Consulenza genetica
nell’uomo
41 Consulenza genetica nell’uomo
1087
Giuseppe Novelli
41.1 Malattie genetiche e consulenza genetica
1088
41.1.1 Incidenza ed impatto sociale
delle malattie genetiche
1088
41.1.2 Classificazione delle malattie genetiche
1088
41.1.3 Impatto delle malattie genetiche
1089
41.1.4 Consulenza genetica e test genetici
1090
41.2 Test genetici
1091
41.2.1 Tipi diversi di test genetici
1091
41.2.2 Applicazioni particolari dei test genetici
1092
41.2.2.1 Test ai minori
1092
41.2.2.2 Test preconcezionali e prenatali
1092
41.3 Malattie multifattoriali, poligeniche e HLA
1093
41.3.1 Caratteri complessi e malattie
poligeniche
1093
41.3.2 Il concetto di rischio genetico
1096
41.3.3 Associazione di marcatori
con una malattia
1096
41.3.3.1 Analisi di coppie di fratelli
1098
41.3.3.2 Analisi di linkage
1098
41.3.3.3 Co-localizzazione dei loci
di suscettibilità alle malattie complesse:
l’ipotesi del “common soil”
1098
41.3.4 Conclusioni
1099
Letture suggerire
1100
Domande di autovalutazione
1100

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